Untuk karier militer Brigadir Rafael, dimulainya dari kesatuan Infanteri Kopassus.
Disebutkan, bahwa dirinya selama berdinas di militer, sudah menduduki berbagai jabatan strategis, dimulai dari Danunit 3/1/1/21/2 Kopassus, Wadanyon 33 Grup 3 Kopassus, Dansepara Pusdikpassus, Dandenma Kopassus, Waaslog Danjen Kopassus selama dua tahun periode 2012-2014, dan Asintel Danjen Kopassus.
Selain itu, dirinya juga pernah menjadi Dan Grup 2 Kopassus pada tahun 2015-2016.
Kemudian dari Korps Baret Merah Kopassus, Brigadir Rafael Granada Baay ini diangkat sebagai Danrem 074/Warastrata, serta menjabat sebagai Aspotwil Kaskogabwilhan I dan Direktur H Bais TNI yang akhirnya kemudian ditunjuk sebagai Komandan Pasukan Pengamanan Presiden (Danpaspampres) yang baru.***